Introducción: La Gestión de la Ciencia y la Innovación en la Universidad de Ciencias Médicas de Matanzas, precisa de formas superiores de desarrolo para así contribuir, en mayor medida, a la calidad de los servicios de salud y así mismo a la integración investigación, docencia y asistencia. Objetivo: diseñar un proyecto de investigación basado en una prioridad del MINSAP y en los problemas que afectan la ciencia y la innovación en la salud de la provincia. Métodos: se caracterizó el desempeño del sistema en el período 2012-2017 a partir del análisis de indicadores relevantes; se relacionó las dificultades examinadas con respecto al comportamiento de la ciencia a nivel nacional; se valoró el problema de la investigación y las causas que lo generan mediante un causa efecto; y basado en estos supuestos se elaboró un proyecto de investigación mediante el enfoque de marco lógico y el diagrama Gantt. Resultados: el desempeño de la provincia de Matanzas es similar a la media nacional con poca producciónde impactos tecnológicos y de innovación; esta situación se deriva de dificultades en la estabilidad, eficacia, eficiencia y la mejora continua de los resultados científico-técnicos y su impacto en la calidad universitaria y asistencial; en consecuencia se articularon coherentemente actividades, resultados esperados, tiempo de ejecución, recursos e impactos. Conclusiones: Mejorar los resultados científicos y la calidad de los servicios de salud son propósitos que se pueden alcanzar desde la adopción de enfoques gerenciales y la introducción de innovaciones organizacionales, generados mediante un proyecto investigativo.